Seksi Pendidikan Madrasah merupakan unit kerja yang mengelola, membina dan mengembangkan pendidikan madrasah di berbagai jenjang. Selain itu juga melakukan berbagai fungsi penyusunan program kerja, pengelolan data dan informasi madrasah serta pengawasan terhadap kualitas pembelajaran dalam penyelenggaraan pendidikan di madrasah berjalan sesuai dengan standa nasional pendidikan.
